Setelah vaksin dimasukkan ke dalam tubuh ayam, sudah tentu vaksin akan langsung bekerja untukmemacu sistem kekebalan tubuh memproduksi titer antibodi. Mekanisnyapun berbeda antara vaksin aktif dan inaktif. Vaksin aktif akan bekerja dengan memperbanyak diri terlebih dulu sebelum menuju organ limfoid. Sedangkan pada vaksin inaktif, mikroorganisme vaksin akan langsung menuju organ limfoid untuk menstimulasi pembentukkan titer antibodi. Sehingga tidak ada reaksi setelah vaksinasi dilakukan. Dengan kata lain, vaksinasi reaksi post vaksinasi hanya ditemukan pada vaksin aktif. Meski begitu, ayam biasanya kan stres akibat suntikan bila aplikasi dan handling ayam tidak tepat dilakukan oleh vaksinator.
Reaksi yang merugikan mungkin saja terjadi akibat pembentukkan respon kekebalan tubuh ayam. Reaksi yang timbul dapat berupa reaksi lokal maupun umum. Reaksi lokal diantaranya adalah mata berair, bengkak pada bagian muka, ayam menggosokkan muka pada punggung, menggoyangkan kepalanya, maupun kerusakan jaringan pada daerah bekas injeksi. Sementara gejala umum yang sering terjadi demam dan penurunan produksi. Kerusakan jaringan lebih sering terjadi pada pemberian vaksin inaktif pada bekas injeksi sebagai akibat dari reaksi adjuvant.
Walaupun merupakan hal yang wajar, namun dapat berbahaya bagi ayam broiler yang berada pada kondisi kurang sehat, strain mikroorganisme yang ganas, dosis yang berlebih, adanya faktor stres maupun kondisi kandang yang tidak nyaman. Kondisi tersebut dapat memicu reaksi setelah vaksinasi yang berlebihan. Bahkan dapat menurunkan nafsu makan, menghambat pertumbuhan maupun meningkatkan mortalitas.
Ada beberapa cara yang dapat dilakukan untuk mencegah reaksi yang berlebihan, diantaranya pastikan ayam yang divaksin dalam keadaan sehat, karena ayam yang divaksin dalam keadaan tidak sehat akan menghasilkan titer antibodi yang tidak protektif dan memperparah kondisi ayam dan tentu saja muncul reaksi yang berlebihan, dosis vaksin yang diberikan harus sesuai dengan yang tertera pada leaflet dan setiap ayam harus diberi dosis yang sama karena dosis vaksin aktif yang tidak sama akan memicu rolling reaction yang merupakan reaksi post vaksinasi meningkat dan bertahan lama, kondisi lingkungan nyaman dengan sirkulasi udara dan amonia yang rendah, keberadaan bibit penyakit harus dikurangi, faktor immunosupresive diminimalkan terjadi karena stres, mikotoksin, marek, berikan vitamin seperti VITAMAX pada ayam yang anda pelihara karena dapat meningkatkan stamina ayam dan mampu menekan stres akibat vaksinasi.